在二次世界大战中，三菱财阀一直作为侵华日军经济上的强大后盾，竭尽全力支援战争所需的一切。在这一过程中，三菱财阀一直奉着所谓的“为国家服务奉献”宗旨，不遗余力地加紧财富的聚敛。
三菱电机和三菱重工可以说是支撑日军战斗力的主于产业。三菱电机设
立于1921年，生产经营种类除电器机具等一般产品以外，还生产船舶、飞机等大型产品所需用的大型发动机、感应电机、变压器等。三菱电机设立之后不久，就同美国威斯汀豪斯建立了合作关系，合作之后没过多久，就跃居到了日本电机界首座的地位。此外，该公司还积极与其他一些公司签定技术协定。1929年，其资本金达1.2亿日元，主要工厂在全国共有12处，在名古屋、神户、福岗等地。该公司本身的直系公司当时有三菱化工厂和日本建铁工业公司。
石油是重要战备物资。三菱石油是1931年3月，由三菱合资、三菱商事、三菱矿业公司和美国的联邦石油公司共同出资组建的。1936年前后。以川崎炼油所为中心，该公司向日本国内提供了大量的石油。随着日美关系的紧张化，美国公司撤了回去，这个公司成为三菱的分系公司。战后广美两公司之间的关系又重新恢复。
三菱财阀中的三菱商事在二次大战中也极为活跃。1941年，它除在日本国内、台湾、朝鲜有为数众多的营业所以外，还在亚洲有27个，欧洲有5
个，南北美有8个，澳大利亚洲有4个营业所，共计有46处，从业人员达
6500人。从1919年开始，该公司在中国河北开辟了粮食和棉花的供应基地。在战争中，从那里获得粮食，然后再以上海、青岛为中转站向各地输送。除此以外，该公司还经营水产品以及食品、矿产品、原料等军需重要物资，另外还大肆掠夺中国矿产资源，把手伸向山东矿业、山西省太原煤矿等地。
三菱财阀的船舶部于1943年独立出来，和股份公司岗崎本店合并设立了三菱汽船公司（后未的三菱海运），承担运送水泥、钢铁、水产、石油等物资。
1937年，三菱又设立了三菱房地产，它在合资公司中成立最晚，从事建筑设计、监督和继续扩大九之内等地的业务，同时它向朝鲜投资，从事办公楼租赁和住宅公寓的建设、管理等。后来，它在国内还设立了军需工厂。
三菱的化学工业是起步较晚的部门。1934年，由三菱矿业和旭销子共同出资在福岗县黑崎正式创立了日本焦油工业股份公司，生产以煤为原料的化肥以及工业药品和特殊化学药品等，后来也同其他部门一样在中国东北、台湾和朝鲜等地投资，并在日本国内各地设立工业公司，着手建设综合的化学工业。该公司1940年改为日本化成工业，成为三菱的分系公司；
1944年，又和旭销子合并，改名为三菱化成工业股份公司。旭销子是岩崎小弥太的弟弟岩崎俊弥创立的。
1930年岩崎俊弥死后，由岩崎小弥太继承。在日本化成时代，它又合并
了新兴人造丝股份公司，经营化学针织工业，它是今日三菱人造丝的雏形。在三菱重工业方面，1938年，开始建造超级战舰。“武藏”号（7·2218吨），历时4年，于1942年竣工，成为海军主力舰艇。1939年，建成“零战”号。又大批量生产车辆、枪炮等兵器，形成包括造船、航空、内燃机等多领域种类齐全的综合重工业基地。无论规模，还是生产能力以及技术水平，
都可谓雄居日本首位，令其他部门望尘莫及。
充当三菱组织润滑剂的三菱银行，1943年的存款额达4.8亿日元。1945年，存款额达121.7亿日元。这一年，该行以政府的金融机关强化政策为指导，合并了三菱企业再集结
一、三菱商事大合并阳和不动产事件
七零八落的三菱公司并没有就此销声匿迹，战后，它们以强劲的势头进行集结与重组。
在比较三菱和三井的特色时，常常有人形容三菱为“有组织的三菱”，三井则为“人的三井”。用这种对比来形容战后三菱集团的再集结是比较恰当的。三菱拥有众多的优秀人材，但作为三菱员工无论多么杰出优秀，都必须对岩崎家族或三菱财阀绝对忠诚，三菱集团不容许属下成员对自己有三心二意的行为。战前有两件事可以充分说明这种现象：奥村政雄曾担任三菱合资公司理事，同时还担任了日苏通商详细协定的日本代表，他曾提出在朝鲜大规模开发硫安计划，但遭到一些人拼命的攻击，岩崎小弥太也认为他心怀“二心”，最后让他离开了三菱；乡古洁自从担任东条内阁的内阁顾问之后，在三菱内部便不再被重视，由社长降为会长。可见“有组织的三菱”中的成员必须一心一意效忠本组织，决不能有“脚踏两只船”的行为。
“人的三井”和“有组织的三菱”二者不同之处在三井物产、三菱商事
各自合并过程中表现得淋漓尽致。三菱商事大多数公司是以同一营业部门内的工作场所为中心设立的新公司。它们于1954年7月进行了大合并。而三井物产的大合并比其晚4年，主要是因为人的问题而延误了时间。
战后，在三菱集团的重组与合并方面，最著名的一件事情是阳和不动产
买断事件。阳和不动产是指1950年处于清算中的三菱本社不动产部的第二个公司，它是与关东不动产共同设立的。在1952年春，阳和不动产被投机商藤纲一派一下子买下了25万股，这些股份占总股份1/3以上，而且他们还想进一步接收该公司的人员。股份被他们买断以后，股价狂涨，每股一度曾达1600元。这事在三菱系企业中引起了强烈的反响，三菱素来以，“有组织的三菱”被人们称道，如若让他们如愿，就仿佛割断了三菱人的希望一样，对此事岂能听之任之。于是经三菱长老们紧急商议之后，由三菱银行的原会长加藤武男拍板，决定以每股1600元的高价把25万股全部都买了回来，此举是由三菱系10个公司共同完成的，所需资金由三菱银行融资。这项活动的代价相当高昂，但这不仅仅是一个阳和不动产的事情，而是牵动着所有三菱人心中的
精神支柱。
1953年4月，阳和不动产和关东不动产合并成三菱房地产。
经济危机引发企业大合并
三菱商事的大合并比三井物产领先一步，这恰恰是有组织的三菱的具体体现，三菱商事的大合并对整个三菱集团来说，具有划时代的意义。
三菱商事被分裂为139个不同规模的公司后，这些零散的三菱系新公司群经营基础薄弱，信用度很低，勉勉强强维持着经营。
在1949年1950年期间，又出现了通货膨胀和世界性经济危机。三菱系新公司为了渡过难关，相继展开了合并活动。当时，由于朝鲜发生动乱，
美军的对日政策也呈现缓和趋势，这进一步加速了合并的步伐。19521953年，大合并的气氛极浓，众多的零散公司被汇集成光和实业、不二商事、东京贸易和东京交易四个公司，为大合并奠定了基础。
1950年4月设立的旧三菱商事的第二个公司光和实业，其主要业务是处理由旧三菱商事继承的债权、债务、不动产以及仓库业，在某种意义说，是为逃税而设的徒有其名的公司。该公司由于1952年8月1日财阀规制法令的废止而改为三菱商事。
1953年7月23日，新三菱商事正式诞生。它的资本金6.5亿日元，年经营额2200亿日元，在当时是日本规模最大、实力最强的大型商社。
在三菱商事的大合并过程中，最卖力的有不二商社社长高垣胜次郎。东京贸易会长服部一郎、东京贸易社长荘清彦、东西贸易会长久保田几之助、三菱商事（旧光和实业）社长松本雄田。除此以外，藤野忠次郎（当时东京贸易副社长）、寺尾一郎（当时不二商事副社长）等在幕后也起了很大作用，三菱银行出身的长辈加藤武男也给予了大力支持。
不二商事是1952年3月由都商事、丸之内商事、极东商事、明光商事四公司合并而成的，因其财务状况不佳，曾一度被排除在外，后来把合并比率降低，比其他三公司低0.5，才被允许进入合并之列。
在三菱商事大合并时，围绕合并比例，曾进行过激烈的讨价还价，藤野
忠次郎曾主张按各公司的财务经营状况确定合并比例。但最终采纳了加藤武男等人的建议，对等合并。由此也可以看出，虽说是“有组织的三菱”，但也不是绝对的，在很多时候，人的因素也起着很重要的作用。
新三菱商事的阵营如下：商垣胜次郎任第一代社长。荘清彦任第二代社
长，藤野忠次郎任第三代社长，寺尾一郎任副社长（后转任到三菱瓦斯化学）。在大合并之际，不二商事、东京贸易、东西贸易还在纽约设立了日资企业，由于佐分利健（原商事常务）等人的积极努力，与本国另外三家公司同
时进行了合并，建立了美国
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